ISO9001认证分为初次认证、年度监督检查和再认证等，具体如下：
一、初次认证
1、企业将填写好的《ISO9001认证申请表》连同认证要求中有关材料报给认证机构。认证机构收到申请认证材料后，会对文件进行初审，符合要求后发放《受理通知书》(这意味着如果材料提交不完全，就取得不了受理的资格，更谈不上签合同缴费了。这一点请申请认证的企业和咨询辅导机构的工作人员给以足够重视，以免因此影响进度)，申请认证的企业根据《受理通知书》来与认证机构签订合同。
2、认证机构收到企业的全额认证费后，向企业发出组成现场检查组的通知，在现场检查一周前将检查组组成和检查计划正式报企业确认。
3、现场检查按ISO9001:2008标准的要求进行，审核前通知企业审核的日期和时间。审核时审核组召开首次会议和末次会议。
4、审核组根据企业申请材料、现场检查情况、撰写审核报告，提交技术委员会审查。
5、认证中心收到技术委员会审查意见后，汇总审查意见，认证中心总经理批准。
6、认证中心向认证合格企业颁发ISO9001:2008质量管理体系认证证书，组织公告和宣传。
7、获证企业如需标识，可向认证中心订购;如有特殊印制要求，应向认证中心提出申请并备案。8/年度监督审核每年一次。
 
二、年度监督检查
1、认证中心根据企业认证证书发放时间，制订年检计划，提前向企业下发年检通知。企业按合同要求缴纳年度监督管理费，认证中心组成检查组，到企业进行现场检查工作。
2、现场检查时，对需要进行检验的产品，由检查组负责对申请认证的产品进行抽样并封样，送指定的检验机构检验。
3、检查组根据企业材料、检查报告、产品检验报告撰写综合评价报告，报认证中心总经理批准。
4、年度监督检查每年一次。
三、复评认证
3年到期的企业，应重新填写《ISO9001认证/请表》，连同有关材料报认证中心。其余认证程序同初次认证。